С 1962 года Искандер постоянно жил в Москве. Первая книга стихов «Горные тропы» вышла в Сухуми в 1957 году, в 1960-х годах начал печататься в журнале «Юность». Прозу начал писать с 1962 года. Известность к писателю пришла в 1966 году после публикации в августовском номере «Нового мира» повести «Созвездие Козлотура».
Несмотря на то, что Искандер никогда не числился в диссидентах, советская цензура временами была к нему весьма не милосердна. Когда в конце 1980-х «Сандро из Чегема» был опубликован полностью, Искандер удостоился сравнений с классиками мировой литературы уровня Уильяма Фолкнера, а для абхазов стал абсолютным классиком, уникальным писателем, которого на родине до сих пор называют просто по имени — Фазиль. Экранизации книг Искандера , к сожалению, оказались не слишком удачными, а вот афоризмы из книг разлетались в народ, «Там, где много говорят о победах, или забыли истину, или прячутся от нее». «Если мудрость бессильна творить добро, она делает единственное, что может, — удлиняет путь зла» («Кролики и удавы»).
Скончался писатель 31 июля 2016 года. Писатель был похоронен 2 августа после отпевания на Новодевичьем кладбище в Москве. В этот день в Абхазии был объявлен траур.